Sveobuhvatno gensko profiliranje (CGP) i uloga u liječenju CUP-a

Uvod

Koja je vrijednost sveobuhvatnoga genskog profiliranja?

Sveobuhvatno gensko profiliranje (CGP) provodi se kad je riječ o raznim vrstama raka kako bi se podaci o genomu preveli u klinički korisne informacije. Omogućuje informaciju o liječenju na osnovi genskog profiliranja u CUP-u.^{1 – 4}

Sveobuhvatno gensko profiliranje – hibridno sekvenciranje nove generacije (NGS) određuje koje su promjene gena u uzorku klinički važne; povezivanje podataka i analiza omogućuju prevođenje podataka dobivenih NGS-om u primjenjivo znanje; znanstvena/stručna revizija dodatno olakšava kliničko odlučivanje; uređeno izvješće kontrolirane kvalitete omogućuje liječnicima određivanje ciljanih ili imunoterapijskih mogućnosti liječenja.

Što CGP otkriva?

CGP s pomoću tehnologije sekvenciranja nove generacije (NGS-a) otkriva poznate i nove varijante u sklopu četiriju glavnih vrsta mutacija gena u velikoj podskupini gena povezanih s rakom te određuje genske potpise, tj. mutacijsko opterećenje tumora (TMB) i mikrosatelitnu nestabilnost (MSI).^{4 – 9}

Sveobuhvatno gensko profiliranje – tumorski DNK -> EGFT – NTRK – HER2 – BRAF.

Koje vrste promjena CGP može odrediti?

Primjerice, svim se uslugama tvrtke Foundation Medicine otkrivaju četiri glavne vrste promjena gena u samo jednom testu. FoundationOne®CDx uz to određuje TMB i MSI, a FoundationOne®Liquid određuje MSI.^{3 – 5, 10}

Sveobuhvatno gensko profiliranje – supstitucije baza – umetanja i brisanja – promjene broja kopija – preslagivanja – genski potpisi.

1. Ross, J. S. i sur. JAMA Oncol 2015: 1: 40 –49.
2. Varghese, A. M. i sur. Ann Oncol 2017: 28: 3015 –3021.
3. Foundation Medicine, Inc.: Genomic Testing 2018. Dostupno na: www.foundationmedicine.com/genomic-testing (vezi posljednji put pristupljeno u ožujku 2019.).
4. Frampton, G. M. i sur. Nat biotechnol 2013: 31: 1023 –1031.
5. He, J. i sur. Blood 2016: 127: 3004 –3014.
6. Gagan, J. i van Allen, E. M. Genome Med 2015: 7: 80.
7. Rozenblum, A. B. i sur. J. Thorac Oncol 2017: 12: 258 –268.
8. Suh J. H. i sur. Oncologist 2016: 21: 684–691.
9. NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology: Non-Small Lung Cancer Version 6.2019. Dostupno na: www.nccn.org/professionals/physician_gls/recently_updated.aspx (pristupljeno u siječnju 2019.).
10. Chalmers, Z. R. i sur. Genome Med 2017: 9: 34.

Sveobuhvatno gensko profiliranje ili profiliranje ekspresije gena

Koja je razlika između CGP-a i profiliranja ekspresije gena (GEP-a)?

Kao što je spomenuto, CGP određuje osnovne promjene u tumorskom DNK-u, a GEP analizira uzorke ekspresije gena na temelju mRNK-a. Uzorci ekspresije gena mogu se prepoznati u većini metastaza u kojima mogu prikazivati ishodišno tkivo.^{1 – 4}

Sveobuhvatno gensko profiliranje – analizira osnovne promjene tumorskog DNK-a – sve stanice imaju isti DNK pa promjena određenoga gena može pružiti dodatne informacije važne za liječenje bez obzira na ishodišno tkivo – ishodišno tkivo ne određuje terapiju jer su terapije usmjerene na određene promjene DNK-a – profiliranje ekspresije gena analizira ekspresiju gena na temelju mRNK-a – ekspresija mRNK-a pokazuje uzorke specifične za stanice i tkiva koji se zadržavaju u zloćudnim stanicama – ishodišno tkivo metastatskih zloćudnih stanica može se procijeniti te se terapija primjenjuje na temelju položaja tumora.

1. Chalmers, Z. R. i sur. Genome Med 2017: 9: 34.
2. Frampton, G. M. i sur. Nat biotechnol 2013: 31: 1023 –1031.
3. He, J. i sur. Blood 2016: 127: 3004–3014.
4. Greco, F. A. i sur. Ann Oncol 2012: 23: 298–304.

Primjer upotrebe CGP-a na raku pluća

Primjer upotrebe CGP-a na raku pluća nemalih stanica (NSCLC-u)

CGP s pomoću mnogih laboratorijskih ispitivanja određuje promjene gena u tumorskom tkivu koje mogu biti klinički važne. Mogućnosti liječenja mogu se potpuno prilagoditi bolesnikovu uzorku promjena.¹
U prvom planu tog razvoja nalazi se NSCLC, za koji su ciljane terapije klinički potvrđene te je dokazano da poboljšavaju ishode.^{2 – 8}

Smatralo se da je NSCLC jedna bolest. Sada znamo da mnoge različite promjene izazivaju rak pluća. Pregledom najčešćih vrsta NSCLC-a zaključujemo da različiti genski profili pokazuju različite tumorske entitete. S pomoću CGP-a otkriva se nekoliko malih molekularnih podvrsta NSCLC-a.

Sveobuhvatno gensko profiliranje – ciljana terapija A: EGFR – ciljana terapija B: NTRK – ciljana terapija C: ALK – ciljana terapija D: BRAF – imunoterapija: visok TMB – standardno liječenje: nisu otkrivene promjene.

1. Foundation Medicine, Inc. 2018. Dostupno na: www.foundationmedicine.com (pristupljeno u ožujku 2019.).
2. Drilon, A. i sur. N Engl J Med 2018: 378: 731–739.
3. Planchard, D. i sur. Lancet Oncol 2016: 17: 984–993.
4. Hellmann M. D. i sur. N Engl J Med 2018: 378: 2093–2104.
5. Peters, S. i sur. N Engl J Med 2017: 377: 829–838.
6. Soria, J. C. i sur. N Engl J Med 2018: 378: 113–125.
7. Rosell, R. i sur. Lancet Oncol 2012: 13: 239–246.
8. Sequist, L. V. i sur. J Clin Oncol 2013: 31: 3327–3334.

Mogućnosti primjene CGP-a za CUP

Koje su mogućnosti primjene CGP-a za CUP?

Većina bolesnika sa sindromom CUP-a (od 80 do 85 %) ima nepovoljan rizični profil i trenutačno loše izglede unatoč liječenju različitim kombinacijama kemoterapije u kliničkim ispitivanjima. U toj je skupini stopa odgovora na liječenje niska, a srednja vrijednost ukupnog preživljenja općenito je manja od jedne godine. CGP je pokazao da gotovo svi uzorci CUP-a imaju promjene na koje se terapija može usmjeriti, što bi moglo biti rješenje ograničenih mogućnosti i loših izgleda u bolesnika s CUP-om.^{1, 2}

Velika raznolikost genskih promjena zabilježena u uzorcima ACUP-a – sveobuhvatno gensko profiliranje pokazalo je da gotovo svi uzorci CUP-a sadržavaju promjene na koje se terapija može usmjeriti – identificirane različite genske promjene.

1. Ross, J. S. i sur. JAMA Oncol 2015: 1: 40–49.
2. Subbiah, I. M. i sur. Oncoscience 2017: 4: 47–56.

Mogućnosti molekularne terapije

Bolesnici s CUP-om s lošim izgledima primaju standardnu terapiju: dvojnu kemoterapiju zasnovanu na platini ili paklitaksel. Ukupna stopa odgovora na liječenje u nekoliko ispitivanja druge faze u kojima su se primijenile kombinacije platine i taksana ili paklitaksel bila je približno 30 %, a srednja vrijednost ukupnog preživljenja od 7 do 11 mjeseci.^{1 – 3}

Mogućnosti primjene CGP-a za CUP

Bolesnici s CUP-om su homogena populacija koja ima promjene na koje se terapija može usmjeriti. U jednom je članku istaknuto da 30 % bolesnika ima genske promjene na koje se terapija može usmjeriti, što je utvrđeno molekularnim profiliranjem tumora.⁴U drugome je članku opisano da su uzorci 200 slučajeva CUP-a analizirani CGP-om (analizom biopsije tkiva tvrtke Foundation Medicine) kako bi se utvrdilo je li moguće odrediti genske promjene na koje se ciljana terapija može usmjeriti.⁵ Od 200 slučajeva CUP-a, 96 % pokazivalo je barem jednu gensku promjenu, a jedna ili više klinički važnih promjena zabilježene su u 85 % tih slučajeva (169 od 200).⁵

Analiza baze podataka FoundationCore^TM s podacima bolesnika s CUP-om

Analiza podataka bolesnika s CUP-om iz baze podataka FoundationCore^TM (koja se sastoji od podataka tvrtke Foundation Medicine) također je pokazivala da je kliničko ispitivanje s molekularnim terapijama klinički ostvarivo.⁶

1. Huebner, G. i sur. British Journal of Cancer 2009: 100: 44–49.
2. Hainsworth, J. D. i sur. J Clin Oncol 1997: 15: 2385–2393.
3. Greco, F. A. i sur. J Clin Oncol 2002: 15 (20): 1651–1656.
4. Varghese, A. M. i sur. Ann Oncol 2017: 1 (28): 3015 –3021.
5. Ross, J. S. i sur. JAMA Oncol 2015: 1: 40–49.
6. Krämer, A. i sur. J Clin Oncol 2018: 36 (15): (suppl e24162).